• זיהום מפעילות אנושית 
    דליפות של מזהמים שמקורם משימושי קרקע שונים (חקלאות, תעשייה, תחנות וצינורות דלק, שפכים עירוניים) מזהמים את מאגרי מי התהום בחומרים רעילים שונים, כמו חנקות, מלחי אמוניה, כלור, ברום, גופרית, מתכות כבדות וחומרי הדברה.
  • זיהום ממקורות טבעיים 
    תהליכים של התפוררות ושחרור של מינרלים טבעיים לתוך מי התהום מואצים ומוגברים כתוצאה מפעילויות אדם.
  • שאיבת יתר 
    אלו גורמים לזיהום מאגרי מי תהום בחומרים כמו ברזל, מנגן, פלואור, יוד, אלומיניום, מגנזיום, גופרית וחנקות.
  • זיהום החודר מבארות פתוחות 
    בארות שאינן מתוכננות או מתוחזקות כהלכה עלולות לאפשר חדירה ישירה של מי נגר מזוהמים בגורמי מחלות ביולוגיים (בעיקר חיידקים) לתוך מאגרי מי תהום. 

כאשר קצב שאיבת מי תהום ממאגר עולה על קצב התחדשות המים במאגר לאורך זמן רב, מפלס מי התהום באקוויפר יורד.  באזורים נרחבים בעולם, כמו חלקים מהודו, סין, אסיה המערבית, ערב הסעודית וחלקה המערבי של ארצות הברית, יש כיום ירידה במפלס מי התהום, המגבילה את כמויות המים הניתנות לשאיבה ומגדילה את עלות שאיבת המים עבור חקלאים מקומיים. 

שאיבת יתר של מי תהום באזורים הקרובים לחוף הים עלולה להוביל לחדירה של מים מליחים אל האקוויפר. 
באזור העיר מדרס בהודו, למשל, קימת חדירה של מים מליחים למי התהום עד למרחק של 10 ק"מ מחוף הים, וכתוצאה מכך בארות רבות מומלחות ומזדהמות.

מאגר הידע