פעילות הפיתוח האינטנסיבית של האדם במהלך המאה ה-20 גרמה לשינויים מרחיקי לכת במערכות האקולוגיות בישראל. הפגיעה בבתי הגידול השונים והפגיעה הישירה במינים הביאו לירידה במגוון המינים המקומיים מצד אחד ולעלייה במגוון המינים הפולשים מן הצד האחר.
מצבם של המינים בישראל נקבע על סמך קריטריונים אחדים שהוגדרו על ידי הארגון העולמי לשמירת הטבע (IUCN) ועל סמך דעותיהם של מומחים וחוקרים ישראלים. על פי קריטריונים אלו מגדירים "מינים אדומים" – מינים אשר נמצאים בסכנת הכחדה או שכבר הוכחדו.
החולייתנים (דגים, דו חיים, זוחלים, עופות ויונקים) הם קבוצת בעלי החיים הנחקרת והידועה ביותר בישראל. בשנת 2002 פורסם הספר האדום של החולייתנים בישראל. נתוני ספר זה מלמדים שמבין 452 מיני החולייתנים בארץ (להוציא מינים ימיים), 149 נמצאים בסכנת הכחדה באחת מקטגוריות הסיכון הגבוהות: שעתידם בסכנה ( (VU, בסכנת הכחדה ((ENובסכנת הכחדה חמורה (CR). 28 מינים נכחדו מאזורנו (ארבעה מהם הושבו בחזרה לטבע) וחמישה מינים שהיו אנדמיים נכחדו לחלוטין מהעולם (ארבעה מיני דגי מים מתוקים ומין אחד של דו חי). נכון להיום, רשימת המינים הנמצאים בסכנת הכחדה כוללת: 57 מיני יונקים (54% מכלל מיני היונקים בישראל), 46 מיני עופות (22% מכלל מיני העופות המקננים בישראל), 35 מיני זוחלים (34% מכלל מיני הזוחלים בישראל), שישה מיני דגי מים מתוקים (19% מכלל מיני דגי המים המתוקים בישראל) וחמישה מיני דו חיים (71% מכלל מיני הדו חיים בישראל).
הידע על מיני חסרי החוליות שנכחדו בישראל הוא מועט. אחת הסיבות לכך היא שעדיין לא התבצעה הערכה מקיפה של מידת הסיכון שבה מצויים חסרי החוליות בישראל. עם זאת, ידוע כי במהלך המאה האחרונה נכחדו 18 מבין 213 מיני רכיכות החיים ביבשה או במים מתוקים. וכי ארבעה מיני עלוקות ו- 19 מיני חרקים הקשורים לבתי גידול מימיים נכחדו אף הם.
הקריטריונים שהוגדרו ב-IUCN להערכת מצבם של מינים ישימים במיוחד לבעלי חיים אך פחות לצמחים. כדי להעריך את מידת הסיכון של מיני צמחי הבר בישראל פותחה שיטת הערכה מקומית המכונה "המודל הישראלי". לפי הערכה זו, מבין 2,388 מינים של צמחי בר, 36 מינים נכחדו ו- 377 מינים מצויים בסכנת הכחדה.
 
בזמן שמינים מקומיים נעלמים ונפגעים, מספרם של המינים הפולשים בבתי הגידול היבשתיים ובבתי הגידול המימיים הולך ועולה. הפלישה אינה ייחודית לקבוצה אחת של בעלי חיים, ובישראל מוכרים מאות מינים של פרוקי רגליים, חלזונות, דגים, דו חיים, זוחלים, עופות ויונקים פולשים. מקרב הצמחים הגדלים בשטחים טבעיים או סביב מגורי האדם, ידוע על עשרות מיני צמחים פולשים, ועשרות מינים העלולים לפלוש בעתיד.
הספר האדום של החולייתנים בישראל יצא לאור בשנת 2002 על ידי רשות הטבע והגנים והחברה להגנת הטבע במטרה לתאר את מצב החולייתנים בישראל ולזהות מינים "אדומים" הנתונים לאיום מיידי. המינים בספר מתוארים ומסווגים על פי מידת הסיכון שבה הם מצויים בקנה מידה עולמי ואזורי. בשנת 2007 יצא לאור הספר האדום של צמחים בסכנת הכחדה בישראל על ידי רשות הטבע והגנים. לכל מין צמח "אדום" נכתבו תיאור מפורט, תפוצתו בארץ ובעולם והמלצות לממשק שימור והגנה.
מצבם של חולייתני היבשה בישראל

הנתונים מבוססים על הספר האדום של החולייתנים בישראל, גרסה מקוונת 2002; אלון ופרלמן, ציפורים בישראל בסכנת הכחדה, 2008.


מאגר הידע