במערכות אקולוגיות טבעיות מים מהווים בית גידול למגוון של יצורים, ואלו מהווים חלק בלתי נפרד ממחזורי החומרים המתרחשים במערכות אלו. חלק מהיצורים האלו, בייחוד חיידקים, יצורים חד תאיים, תולעים טפיליות, פטריות ווירוסים, יכולים לגרום למחלות לאדם ולחי. הקריטריונים לאיכות המים והמדדים שבהם משתמשים למדידת איכות המים, משתנים בהתאם לשימוש שעושים בהם: מים המשמשים לשתיה מחייבים רמות טיהור ואיכות גבוהה ביותר, ולעומת זאת מים בשימוש תעשייתי יכולים להיות באיכות ירודה יותר. איכות מים נקבעת בדרך כלל באמצעות השוואות של המאפיינים הפיזיקליים והכימיקלים של דגימות מים, עם הנחיות ותקנים בין-לאומיים ולאומיים לאיכות מים. תקנים לאיכות מי שתייה מתוכננים כך שיאפשרו הספקה של מים נקיים ובטוחים לשמירה על בריאות הציבור. התקנים בדרך כלל מבוססים על הערכות מדעיות של רמות מקובלות של רעילות עבור גוף האדם במים המשמשים לשתיה ולרחצה.

שינויים באיכות מים במערכות אקולוגיות מתרחשים לרוב באופן הדרגתי. מסיבה זו ההידרדרות במצב המערכת האקולוגית של מים מתוקים ניכרת לעין במקרים רבים רק לאחר שמתרחש שינוי דרמטי במצבה של המערכת האקולוגית. במהלך שנות ה-90 של המאה ה-20 נעשו מאמצים רבים להקמת תכניות לניטור איכות מים ולהשקת תכניות ומדיניות להגנה על מקורות מים ברחבי העולם. כך למשל, הוקמו תוכניות לניטור איכות מים באגני היקוותשל נהרות בין-לאומיים מרכזיים בעולם, כמו הדנובה, הריין, המקונג והנילוס. מערכת ניטור המים העולמית של האומות המאוחדות
 (GEMS) מספקת נתונים על איכות מים כדי לעקוב אחר איכות המים המתוקים בעולם ולקיים ממשק בר-קיימה של מקורות המים.
המחלההפתוגן
כולרהחיידק Vibrio cholerae
בוטוליזםחיידק Clostridium botulinum
טיפוסחיידק Salmonella typhi
צהבת מסוג Aוירוס Hepatitis A
דיזנטריהחיידק Shigella dysenteriae או אמבה Entamoeba histolytica
Cryptosporidiosisפרוטוזואה Cryptosporidium parvum
שיתוק ילדים (פוליו)וירוס פוליו
Giardiaפרוטוזואה Giardia lamblia

מאגר הידע